Агротехнический факультет университета – единственный на Европейском Севере России. Студенты всех направлений обучения получают фундаментальную общенаучную и профессиональную подготовку, позволяющую найти себе применение во многих областях деятельности. Студенты, знающие иностранные языки в достаточном объеме, имеют возможность проходить практику и стажировку на сельскохозяйственных объектах и в учебных заведениях Финляндии и Скандинавии. Выпускники, склонные к научной работе, имеют возможность продолжить учебу в аспирантуре.
Студенты направления бакалавриата 110400.62 «Агрономия» получают знания по вопросам продовольственной безопасности территорий рискованного земледелия, а также по современным технологиям возделывания традиционных и малораспространенных культур, хранения, переработки и реализации продукции растениеводства.
Для направления «Агрономия» вводятся дополнительные дисциплины: мировое ландшафтное искусство, фитодизайн коттеджного участка, дворов и двориков, технология закладки и стрижки сада, газоноведение, флорариумы, бухгалтерский учет, статистика, «1С предприятие», управление организацией и агрологистика, организация производства и предпринимательства в АПК (малый, средний и крупный бизнес, оценка финансового состояния организации, бизнес-планирование), методика бесконфликтного общения, психология торговли.
Высокий уровень профессиональной подготовки, основанный на интеграции знаний широкого спектра дисциплин, позволяет выпускникам успешно работать руководителями высшего звена управления сельскохозяйственных организаций, агрономами, пчеловодами, специалистами агрохимической службы, защиты растений, благоустройства и озеленения населенных пунктов, консультантами по плодоовощеводству, цветоводству и фитодизайну, менеджерами по реализации сельскохозяйственной продукции, сотрудниками в центрах сертификации и стандартизации, в органах землеустройства, сфере экологии, в фитосанитарном надзоре и таможне, в научных учреждениях, а также заниматься селекцией, семеноводством и сортоиспытанием растений.
В 2010 году на агротехническом факультете Петрозаводского государственного
университета открылось новое направление бакалавриата «Землеустройство и кадастры».
Направление бакалавриата 100800.62 – "Товароведение" 
Направление бакалавриата 111400.62 – "Водные биоресурсы и аквакультура" 
Направление бакалавриата 111100.62 - "Зоотехния"
(профиль «Технология и менеджмент сырья и продуктов животного происхождения») 
Направление бакалавриата 110800.62 «Агроинженерия» (Механизация сельского хозяйства) Инженеры-механики находят себе применение на агропромышленных предприятиях различного типа; машиностроительных и автотранспортных предприятиях; на автосервисных предприятиях и в объединениях; в проектно-конструкторских, научно-исследовательских и образовательных учреждениях. Выпускники этого направления – одни из наиболее востребованных специалистов на рынке труда Карелии.